Насколько я могу судить, эта виза не дает права перемещаться по странам шенгена, только по Германии. Так что само собой, надо получать визу. Причем электронная про-виза действует только на перелетах из России, возможно, с ней будут проблемы при вылете из Германии на Кипр. Этот вопрос уточните в консульстве Кипра в Москве (http://www.topcyprus.net/encyclopedia/visa/visa-russia/226-moscow-consulate).